Pur restando ancora incerte le modalità di assolvimento, nel caso di acquisizione di beni o servizi per mezzo del mercato elettronico da parte di una pubblica amministrazione, questa è tenuta a pagare l'imposta di bollo. Le stazioni appaltanti della PA non devono limitarsi a vigilare sul regolare lavoro del fornitore, ma sono anche considerate responsabili (come da art 22 DPR 642/1972), perché la competenza riguardo l'esenzione con obbligazione esclusiva a carico dei fornitori è dovere riservato alle amministrazioni dello Stato. In risposta a un interpello di un'università statale, le Entrate hanno chiarito questo punto (lo scorso agosto, quindi non c'è ancora una pubblicazione relativa nel sito), destinato ad avere un impatto sui fornitori e su molte e diversificate pubbliche amministrazioni statali, come enti locali, aziende sanitarie, enti pubblici non economici, etc.
In seguito alla necessità di effettuare alcuni acquisti, l'università aveva fatto riferimento al codice dei contratti pubblici (DLgs 50/2016) per mezzo anche del Mepa (mercato elettronico della pubblica amministrazione), chiedendo chiarimenti sulla funzione di vigilanza che è tenuta a svolgere nei confronti dell'imposta, e sul modo in cui dover materialmente applicare l'orientamento della risoluzione n 96/E/2013, emessa in vigenza del DLgs 163/2006 e del relativo DPR 207/2010. Stando a quanto riportato nel 96/E, pur non riportando il procedimento per assolvere il pagamento, l'università era soggetta a imposta di bollo sulle transazioni relative al Mepa. Il documento informatico viene quindi ritenuto una stipula, sottoscritta dalla pubblica amministrazione, paragonabile ad un contratto che non trova classificazione tra quelli conclusi nella forma dello scambio di corrispondenza secondo 'uso del commercio; solo in caso d'uso questi sono soggetti ad imposta.
Fino all'arrivo del DLgs 50/2016, in cui l'Agenzia nega la possibilità che l'obbligazione sia a carico del solo fornitore, l'imposta di bollo era proprio a carico di quest'ultimo (come stabiliva dall'articolo 139 del DPR 207/2010). Tale cambiamento ha un impatto ampio e generale, trovando applicazione in ogni tipologia di contratto d'acquisto di beni e servizi, che sia stipulato in forma analogica o digitale e vedano coinvolte le pubbliche amministrazioni dello stato.
Rimane ancora da sciogliere qualche incertezza sulle modalità per pagare il bollo, poiché l'Agenzia tiene a ribadire che l'articolo 6 del Dm 17 giungo 2014 sia inapplicabile, in quanto limitata ai documenti informatici fiscalmente rilevanti, quali registri, fatture, libri, ma sostiene che la pubblica amministrazione potrà indicare nel documento inviato, il codice numerico di 14 cifre rilevabili dal contrassegno telematico (come da risoluzione 89/E/2016), comprovando così l'assolvimento dell'imposta, e perfino ponendo in via prioritaria l'onere sulla stazione appaltante. Sembra quindi non venir considerata l'assenza di materiale e l'inflessibilità del procedimento Mepa, che finisce per rendere il legame tra documento digitale e imposta di bollo piuttosto complesso a livello tecnico. Non risultano invece accenni alla possibilità di impiegare la marca da bollo digitale (servizio@bollo) con PagoPA, come da regolamento dell'Agenzia (2014), che purtroppo stenta a trovare diffusione ma potrebbe risultare idoneo anche nel caso in oggetto.
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